A reabilitação medicinal é a primeira fase da reinserção na vida que se leva até aí. Com a cicatrização da ferida e a adaptação à prótese, estão reunidas as condições para voltar ao mercado de trabalho e à sociedade.

A reabilitação ocorre imediatamente a seguir à operação, desde que tal seja possível no hospital. Duas a três semanas depois da cirurgia, deve dar-se a transferência para uma clínica de reabilitação adequada. Nesta altura, as feridas deverão estar curadas; na maior parte, contudo não é obrigatória a cura total.

O financiamento é feito, normalmente, pela segurança social (seguro de doença, de reforma, de acidente), desde que exista cobertura correspondente. Mesmo a escolha da instituição de reabilitação é feita pela entidade financiadora, quando tiver sido feito o pedido pelo médico assistente ou pelo serviço social da clínica. A reabilitação de pessoas amputadas é feita o mais próximo possível do local de residência.

De uma forma geral, as pessoas amputadas devem ser sempre reabilitadas em regime de internamento. A complexidade das medidas necessárias só pode ser garantida nesse regime. Pode haver excepções em caso de "reciclagem" a pacientes já há muito tempo amputados. Além disso, os pacientes necessitam, nas primeiras semanas após a operação, de cuidados que não podem ser garantidos em casa.

Contudo, o ambiente em casa e o apoio de familiares/conhecidos é muito importante. Por isso, os familiares deverão aprender a ajudar na colocação da prótese. Além disso, será combinada com eles a adaptação da casa à nova realidade. A estabilização emocional da pessoa afectada também depende dos que o rodeiam, em casa.